Theo sử sách ghi chép lại, trụ trì đầu tiên của Chùa là Thiền Sư pháp hiệu Thiên Vạn, tiếp theo Thiền Sư Nguyễn Diêu, thiền sư Tô Đính từ năm 1987 – 1802 chiến tranh giữa Chúa Nguyễn với quân Tây Sơn nổ ra át liệt, Chùa trở nên hoang phế. Từ năm 1823 đến năm 1867 chùa thuộc phủ Tân Ninh, nằm giữa hai huyện Tân Ninh và Quang Hoá, thời kì này Chùa được các cụ Thiền sư: Thiện Chánh, Đạo Đạo Ớt, Đạo Luốc – Đạo Hữu Đô Thành Khoẻ - Pháp sư Lê Văn Lời nối tiếp trụ trì tu tập theo phái Nam Tông, tín ngưỡng theo dân gian thờ cúng không khắt khe. Năm 1963, do chiến tranh chùa bị thiêu cháy hoàn toàn, sau đó không lâu Đạo Hữu Tô Văn Nhi cùng dân làng trùng tu và đổi tên thành Chùa Cổ Sơn.

Vào năm 1974 do chiến tranh tàn phá, Chùa bị bỏ hoang phế. Đến năm 1983, các Đạo Hữu Nguyễn Văn Kiên – Tô Văn Sen – Tô Văn Quyền – Nguyễn Văn Bé đứng ra xây dựng lại trên phế tích đổ nát bằng vật liệu thô sơ. Qua nhiều lần tu sửa, vào ngày 19/06 năm Giáp Ngọ (2014) Tỳ kheo Thích An Phát, tên thật Nguyễn Văn Bê cùng đại chúng Phật tử thống nhất Đại trùng tu Chùa bằng vật liệu bền vững kiên cố với ba nóc ngang, một cổ lầu một nóc, hai cổ lầu gồm 54 cột chống đở mái, Chánh Điện thờ Đức Phật Thích ca toạ thiền có chiều cao 45cm, chất liệu đá sa thạch có niên đại từ thời Văn hoá Óc Eo. Trải qua vật đổi sao dời cùng với thời gian suy thịnh do chiến tranh tàn phá chùa có tổng cộng 9 lần trùng tu.

Hiện nay di tích lịch sử Gò Chùa Nổi nằm trong lòng một gò đất tròn cao khoảng 3,3m so với mặt ruộng xung quanh, đường kính tối đa khoảng 100m, được các nhà khảo cổ học Nguyễn Duy Tỳ, Nishimura Masanari và Vương Thu Hồng phát hiện và thám sát từ năm 1996. Đây là một di chỉ cư trú quy mô lớn của cư dân tiền sử Nam bộ có niên đại cách đây từ 2.500 – 2.800 năm và được tiếp nối bởi một giai đoạn của nền văn hoá Óc Eo (thế kỉ I – thế kỉ VIII sau công nguyên).

Bên trong lòng đất Gò Chùa nổi chứa đựng tầng văn hoá tiền sử khá dày với lớp đất nhiều màu sắc, than tro, tàn tích động thực vật, đồ gốm, công cụ thô sơ bằng đá, xương, sừng, …và nhiều hiện vật khác như: búp sen gốm, ngói diềm, gạch, mảnh khuôn đúc, 01 cánh tay tượng và 01 tượng phật bằng sa thạch. Qua nghiên cứu, di tích Gò Chùa Nổi và nhiều di tích khảo cổ khác trong vùng như: Gò Ô Chùa, Lò Gạch, v.v…cho thấy nơi đây từng là địa điểm sinh sống của cư dân vùng cao Đông Nam Bộ đương thời. Trong đó, di tích Gò Chùa Nổi là nguồn tư liệu quan trọng để nghiên cứu về các nền văn hoá cổ và những chủ nhân đầu tiên của vùng đất Nam Bộ xưa. Di tích lịch sử văn hoá Gò Chùa Nổi là nơi lưu dấu những chứng tích lịch sử, văn hoá từ thời kì tiền sử, sơ sử của cư dân cổ đến thời kì khai cơ, mở đất lập làng, dựng Chùa của lưu dân Việt trong quá trình Nam tiến ở Nam Bộ. Nơi đây đã cưu mang nhân dân tránh bão lụt và các cán bộ chiến sĩ giữ nước trong những năm tháng chiến tranh chống xâm lược, nay trở thành một danh thắng của huyện Vĩnh Hưng tỉnh Long An. Với những giá trị quý báu trên, Gò Chùa Nổi được xếp hạng là di tích lịch sử - văn hoá cấp tỉnh tại Quyết định số 5146/QĐ-UBND ngày 28/12/2004.

Các vị lãnh đạo tỉnh, huyện thả cá tại lễ hội rằm tháng giêng chùa Cổ Sơn (Ảnh: Minh Mãi)

Hàng năm, vào các ngày Rằm lớn như: Rằm tháng  Giêng, Rằm tháng Bảy, Rằm tháng Mười tại di tích Gò Chùa Nổi diễn ra các nghi thức cúng rằm thu hút hàng ngàn lượt du khách và tăng ni Phật tử về lễ Phật, đặc biệt là Rằm Tháng Giêng, nơi đây diễn ra chuỗi sự kiện đông đúc thu hút nhân dân khắp nơi, trong đó nổi bật là các hoạt động thả cá phóng sanh, múa Lân Sư Rồng, Lễ hội Hoa đăng tưởng nhớ sự hy sinh của các anh hùng liệt sỹ hy sinh trên sông Vàm Cỏ Tây đoạn Tuyên Bình… sự kiện như một lời nhắc nhở người dân khi xa quê, cứ đến ngày Rằm tháng Giêng phải về Chùa Cổ sơn để dân hương cúng Phật cầu mong một năm bình an may mắn.

Những năm gần đây, huyện đang tập trung phát triển sản phẩm du lịch văn hóa - tâm linh và du lịch về nguồn dựa trên những ưu thế và tiềm năng sẵn có của địa phương như kết nối các tour tuyến tham quan như: Di tích lịch sử cấp quốc gia khu vực Đồn Long Khốt, di tích Gò Ông Lẹt,... Trong đó, không gian sinh hoạt văn hóa tâm linh trong Lễ hội rằm tháng giêng ở Chùa Nổi đã được huyện đề nghị Sở Văn hóa thể thao và du lịch hỗ trợ kiểm kê, lập hồ sơ khoa học Lễ hội truyền thống Rằm Tháng Giêng tại Di tích lịch sử - văn hóa Gò Chùa Nổi đề nghị đưa vào danh mục Di sản văn hóa phi vật thể cấp quốc gia./.